در خرمشهر به او خبر مى دهند كه در خط مقدم شلمچه درگيرى شديدى واقع شده است و در آن جا به نيروى امدادگر نياز دارند. فاطمه به همراه يكى از پزشكياران و به راهنمايى دو سرباز, به شلمچه مى رود. قبل از ورود آنها به شلمچه , خط مقدم به دست عراقى ها مى افتد و آنان بى خبر از همه جا, در دام عراقى ها گرفتار مى شوند. پزشكيار همراه فاطمه , در آن لحظه تير مى خورد و فاطمه در همان جا به مداواى او مى پردازد ! و سپس در كانالى مخفى مى شود.

عراقى ها به بالاى سر او مى آيند. يك سرباز عراقى مى خواهد دستش را بگيرد و از كانال بيرون آورد كه مانع مى شود و مى گويد:به من دست نزن ! سرباز ديگرى قنداق تفنگش را جلو مى آورد و فاطمه به كمك آن از كانال بيرون مى آيد. عراقى ها دست و پا و چشم هايش را مى بندند و با يك نفربر, او و ديگر همرزمانش را به عقب مى برند. اسارت يك زن , براى عراقى ها تازگى داشت . شايد تصور آنها اين بود كه فاطمه فرمانده است ! او در همان لحظات اضطراب كه نمى دانست چه آينده اى را در پيش دارد, مشغول خواندن نماز امام زمان (عج ) شد. فاطمه ناهيدى هرگز در طول اسارت , روحيه خود را نباخت . در همان روزهاى نخستين اسارت , يك فرمانده عراقى , پس از يك بازجويى مفصل , به وى مى گويد:آيا دوست دارى به كربلا بروى ؟معلوم است كه دوست دارم . خب , مى بريمت ! ولى دوست ندارم شما مرا ببريد. دوست دارم خودم بروم و ان شاءاللّه هم مى روم . چگونه مى خواهى بروى ؟ كه نمى گذاريم . ان شاءاللّه جنگ كه تمام شد و اين جا حكومت اسلامى برپاشد, مى روم . اگر قول همكارى با ما را بدهى , هم به كربلا مى فرستيمت و هم مى روى ايران پيش خانواده ات ! نه من آن كربلا را مى خواهم و نه امام حسين (ع )اين زيارت را از من قبول خواهدكرد. و همان طور كه اسير شدم , هر وقت كه خداوند خواست , آزاد مى شوم ! فاطمه را پس از دستگيرى , به زندان انفرادى مى فرستند. در آن جا بود كه سه زن مجاهده ديگر نيز به او پيوستند. در همان روزها بود كه متوجه حضور تعدادى از برادران ايرانى , در اردوگاهى نزديك خودشان شدند. آنان تصميم گرفتند كه خود را از زندان خلاص كنند و به اردوگاه بروند. تصميمشان را به عراقى ها گفتند.

دژخيمان بعثى با كابل به شكنجه آنها پرداختند, ولى بالاخره خستگى عراقى ها, آزار را از بدن زنان برداشت . صورت و بدن فاطمه مجروح شده بود و از دستانش خون مى چكيد. خود را با زحمت به درب سلول رساند. با سختى , قامت راست كرد و با انگشت هاى خون آلودش , بر شكاف دريچه كوچك سلول نوشت :ا للّه اكبر ! سختى هاى زندان , زنان قهرمان ايرانى را آرام نكرد, آنها دست به اعتصاب غذا زدند و گفتند:حرف ما همان است كه گفتيم :آزادى از زندان و اقامت در كنار ديگر اسرا در اردوگاه ها ! هفده روز از اعتصاب غذاى آنها مى گذشت كه به وزارت دفاع عراق منتقل شدند. قرار بود كه صليب سرخ به ديدن آنها بيايد. از اين رو فرماندهان عراقى مى گفتند:به زور هم شده به آنها سرم و خون وصل كنيد ! در روز بيستم اعتصاب غذا, دست و پاهاى زنان مسلمان و آزاده ايرانى را بستند و به زور به آنها خون ترزيق كردند. نيروهاى صليب سرخ آمدند و از فاطمه و همراهان كه حالشان بسيار وخيم بود بازديد كردند. بعد از آن يك ماه در بيمارستان بسترى بودند و طولى نكشيد كه به ايران بازگشتند. بدين گونه بود كه اسارت چهار ساله فاطمه ناهيدى پايان يافت .